
Несмотря на широкое использование антибиотиков среди детей, эффекты их воздействия на развивающийся микробиом кишечника младенцев остается недостаточно изученным. Процесс исследования, описанный здесь, покажет, как кишечный микробиом реагирует на антибиотики и восстанавливается после них. У детей, проходивших лечение антибиотиком, были менее стабильные и менее разнообразные бактериальные сообщества. Гены устойчивости к антибиотикам в кишечнике этих детей достигали пика после лечения антибиотиками, но обычно быстро возвращались к исходному уровню. Способ введения также оказал сильное долгосрочное влияние на разнообразие микроорганизмов. Данные здесь дадут представление о влиянии факторов ранней жизни, таких как способ рождения и лечение антибиотиками, на микробиом кишечника младенца.
Микробное сообщество кишечника отличается своей динамичностью в течение первых 3 лет жизни, прежде чем стабилизируется до состояния, подобного взрослому. Однако мало что известно о влиянии факторов окружающей среды на развивающийся кишечный микробиом человека. В кишечном микробиоме большинства детей, родившихся при вагинальных родах, преобладали виды бактероидов (Bacterorids), у четверых детей, рожденных путем кесарева сечения, и около 20% детей, родившихся вагинально, не наблюдались бактероиды в первые 6–18 месяцев жизни. Продолжительный отбор проб в сочетании с секвенированием цельного генома позволил выявить изменение уровня штамма, а также обилие генов устойчивости к антибиотикам. Микробиота детей, которые получали антибиотик, была менее разнообразной с точки зрения, как бактериальных видов, так и штаммов. Кроме того, наблюдались кратковременные изменения состава между последовательными образцами от детей, получавших антибиотики. Гены устойчивости к антибиотикам, содержащиеся в микробных хромосомах, были на пике своего изобилия после лечения антибиотиками, за которым последовало резкое снижение, в то время как некоторые гены, несущие подвижные элементы, сохранялись дольше после окончания терапии антибиотиками. Результаты подчеркивают ценность длительных исследований с высокой выборкой с профилированием деформации высокого разрешения для изучения реакции на раздражение микробиома кишечника младенца.